Sein Ursprung ist bis heute nicht genau bekannt. Und wo auch immer der Wasserkefir ursprünglich herkommt, begleitet hat er die Menschen wohl schon seit sehr langer Zeit. Mexiko wird als mögliches Ursprungsland genannt, denn hier wurden die Kristalle erstmals im Jahre 1899 in Forschungsaufzeichnungen schriftlich erwähnt. Man entdeckte auf mexikanischen Feigenkakteen (Opuntien) kleine, durchsichtige Kristalle, die sich von zuckerhaltigem Tauwasser bzw. zuckerhaltigen Ausscheidungen der Kakteen ernährten. Gemäß der Beschreibung produzierten sie in Wasser ein kohlensäurehaltiges, säuerliches Getränk. Die Mexikaner sammelten sie und wahrscheinlich begann zu dieser Zeit dort die Verbreitung der Kristalle und die Wasserkefir-Produktion. Auch aus anderen Ländern wie Tibet, dem Kaukasus und Japan tauchen immer mal wieder Bericht über diese Kristalle auf.

Bereits in den 20er und 30er Jahren des letzten Jahrhunderts war der Wasserkefir vor allem in der Schweiz, aber auch Frankreich und Deutschland ein beliebtes Getränk mit unterschiedlichen Geschmacksrichtungen. Er verschwand ungefähr zur Zeit des beginnenden Zweiten Weltkriegs. Man kann auch hier nur spekulieren, ob es an den Kriegsbedingungen und/oder an dem zunehmenden Konsum industriell hergestellter, zuckerhaltiger Getränke lag, die die Eigenproduktionen aus den Haushalten verdrängten. Seit einigen Jahren erlebt der Wasserkefir aus den gleichen Gründen wie sein “großer Bruder” ein Revival.