Das Einweichen ist eigentlich eine Vorstufe des Keimens und der Fermentation. Von Natur aus sind Samen, Hülsenfrüchte, Getreide, Nüsse etc.  mit Nährstoffen für ihren Keimprozess ausgestattet. 
Gleichzeitig enthalten sie Substanzen, die sie und die Nährstoffe auch noch im trockenen Zustand schützen – ein natürlicher „Schutzmechanismus“ aus sogenannten Antinährstoffe (Phytinsäure, Lektine). Sie sind für unseren Organismus schwer verdaulich und binden in den Samen Mineralien und Spurenelemente, sodass wir diese nicht aufnehmen können. Auch in unserem Körper können sie bei übermäßigem Verzehr Nährstoffe binden und so die Aufnahme in unseren Organismus verhinden.

Kommen die Samen aber mit genügend Feuchtigkeit z.B. in Form von Niederschlag in Berührung können diese Stoffe ausgeschwemmt werden oder vorhandene Enzyme, wie zum Beispiel die Phytase, die die Phytinsäure abbaut, werden aktiviert und bauen sie ab. Die Bioverfügbarkeit der Nährstoffe als auch die Verdaulichkeit wird erhöht. Durch den Einweichprozess können wir die Natur nachahmen und diese Effekte auslösen. Dafür werden Nahrungsmittel wie Hülsenfrüchte, Saaten oder Getreide, z. B. Reis gewaschen und anschließend in der bis zu dreifachen Menge Wasser eingeweicht. Das Einweichwasser wird anschließend entsorgt und die Nahrungsmittel nach gründlichem Abspülen weiterverwendet.

Aber nicht nur die Enzyme werden aktiviert, auch die wilden Mikroorganismen wie Milchsäurebakterien, Hefen etc., die von Natur aus auf den Nahrungsmitteln vorkommen, beginnen das Getreide durch ihre Stoffwechselprozesse vorzuverdauen. Ein Beispiel dafür ist das Einweichen und Quellen lassen von Getreide als volles Korn oder in Form von Flocken über Nacht oder länger in einer Flüssigkeit wie Wasser oder Milch für mehrere Stunden, wie es bei dem klassischen Bircher-Müsli getan wird. Die Mikroben beginnen sehr schnell mit der Verstoffwechselung enthaltener organischer Stoffe wie Zucker und verdauen uns so das Nahrungsmittel vor, d.h. sie beginnen es zu fermentieren. Gleichzeitig produzieren sie neue Nähr- und Vitalstoffe. Je länger wir den Einweichprozess durchführen, desto mehr geht er in die Fermentation über.